O museu, tombado como patrimônio histórico desde 1962, foi restaurado e reaberto ao público em 1981. Desde 1993, teve diversos diretores e recentemente passou por uma modernização, concluída em 2023. O acervo conta com mais de mil itens catalogados, disponíveis gratuitamente em um banco de dados digital, incluindo manuscritos, fotografias e obras completas de Lobato. Um portal interativo oferece uma exposição virtual gamificada, onde a boneca Emília guia os usuários em aventuras baseadas nas obras de Lobato. O museu também exibe objetos pessoais do autor, primeiras edições de seus livros, aquarelas, e uma réplica de uma cozinha típica caipira do século XVIII. Atores interpretando personagens das histórias de Lobato tornam a visita lúdica e educativa, especialmente para as crianças.